In Shadow of Destiny kruipt de speler in de huid van Eike, een 22-jarige jongeman die op een tijdreis gaat. Door terug te gaan in de tijd wil hij zijn eigen dood oplossen, want hij is op mysterieuze wijze vermoord. De tijdreis brengt Eike in diverse tijdperken, variërend van de zestiende eeuw tot het heden.

Natuurlijk hebben gebeurtenissen in het verleden effect op het heden, waardoor Eike de tijd dus kan manipuleren in dit puzzelavontuur. Hij krijgt tijdens zijn reis diverse puzzels voorgeschoteld die van hem vereisen dat hij de tijd in zijn voordeel manipuleert. Alleen door de puzzels goed op te lossen en de juiste keuzes te maken, kan de speler erachter komen wie de moordenaar van Eike is. Hierdoor kent het verhaal ook meerdere eindes.