In Transformers Prime voegt de speler zich bij de Autobots en de tieners Jack, Miko en Raf om de mensheid te redden. Megatron, de leider van de Decepticons, wil met de krachten van een meteoor de macht op aarde grijpen. Spelen als Optimus Prime en andere bekende personages, nemen spelers het op tegen de Decepticons. Transformers Prime is een third-person beat-em-up met een mix van schieten, rijden en vuistgevechten. De Autobots kunnen van vorm veranderen, zo kan de snelle en acrobatische Arcee in een motor veranderen en kan de trage, maar krachtige Bulkhead veranderen in een bepantserde vrachtwagen. De game speelt zich af op diverse plekken, zoals de ruimte, Griekenland, Nevada en Zuid Amerika. Transformers Prime heeft diverse multiplayermodi (Brawl, Battle for Energon en Emblem Match) met elf speelbare personages, waaronder Autobots en Decepticons. De game heeft een splitscreenmodus voor twee spelers.